一応の解決を得たので自身の整理とする。なので他人向けではないです
Nintendo純正のRGBケーブルでsyncを取っているのはvideo(ビデオ信号もしくはコンポジットシンク)で、普段はこれにRGBオンリーの改造を施したNewFCの場合、PPU21pinはそのままAVマルチアウトの9pin参考先で出力される。これは問題はないのだが、RGBマルチアウト化した場合はかってが変わり、AVマルチアウトの9pinにつながったパターンをカットしてそこにvideoをつなぎ、csyncはAVマルチアウトの4pin目につながる。しかし、純正RGBケーブルで4pinがつながっているということはほぼない(初期は同期信号を4pinからとっていた模様)ので、純正RGBケーブルを改造しました。 9pinを抜き4pinに挿し込む。しかしこの方法だとSFCでもうつる筈なのですが・・その後SFCでもうつりました。
ということで、RGBマルチ化をしている人だけの問題ですので役に立ちません。