基本的にunagiのflashサポートページhikiに書いてる通りですが、作成にあたり必要になるのはflashromです。

DIPパッケの4Mbitなんて秋月共立デジット等にはありませんので、オススメはチップワンストップでの購入です。AM28F040BとかSST39SF040とか。DIPパッケージタイプをデータシートと睨めっこしてかいましょう。ただし11個(1レール)単位での販売だったりしますのですが。
4Mbitかっとけば後々役に立ちます。
後そんなに上限対応できないマッパーromに大容量を使う場合、つかわないアドレスをVCCにつないで処理をしないと後で泣きます。

ファミコンの殻割りは適当な基板をさしこんでバキバキを開けるのですが、それは検索で探してもらうとして・・
たとえばmmc3の場合、prg-romとcha-romの足をニッパーで切り飛ばしてピンセットと半田ごてを使って足を外してしまってあとでハンダ吸い取り線できれいに仕上げると早いですね。
んでそこにflashromを差し込みます
prg-romの/WE,A17,/OE,/CS(DIPの31.30.24.22ピン目)部分の足を跳ね上げて挿入、romのA17を基板の24pinの穴に配線
残りの制御線をCPUの各場所へhiki通りに接続。
char-romは/WE,/OE,/CS(DIPの31.24.22ピン目)部分の足を跳ね上げて挿入、制御線をPPUの各場所にhikiどおり

flashのアドレスバスA17-A18の接続は必ず=にならなくても動いたりしますのでアドレスが入れ替わっても支障はありませんしね。そのままやっちゃいましょう。
CHA-RAMなMMC3のflashrom場合はPRG-ROM外して、配線は上といっしょです、それだけですので簡単です

各マッパーのカードリッジ作成方法はそのうちちまちまかいてこうとおもいます。